Изворите на река Пробойница се намират в стара букова гора на юг от връх Калугерска кукла. Кристално чистата планинска вода извира от сърцето на планината, откъдето стремително се спуска към дълбоката долина. Народните вярвания придават чудодейни и лечебни свойства на водата, извираща под корените на стария бук.

Вследствие на изграждането на вече бившата урановата мина „Балкан“, известна също с името „Пробойница“, долното течение на реката е в недобро състояние. Днес от мината се използват само огромните насипи баластра. Заради недовършването на строежа, близо 600 м подземни галерии и шахти не са използвани никога според предназначението си. През 2015 г. по поречието на Пробойница започва изграждането на малка водноелектрическа централа.